中继机机体、发动机、飞行性能类似于E-3，当然E-3巨大的雷达天线罩被取消了，有75％的机体与E-3相同，这里不过多描述。总的来说与波音707-320B客机相似，采用推力106.8千牛的CFM-56-2A-2发动机。机舱类似E-3A，分3个区。翼前区包括四人机组驾驶舱、食品储存间、厨房、广州中继机回收价格就餐间、洗手间，以及有8个折叠床的休息间，以便搭乘轮班乘员。

机翼段为8人值勤室，C3(指挥、控制、通信)中央操纵台及其它操纵台位于该段，操纵员中包括一名空中控制军官。翼后区为设备舱，内有收发机柜、发射机、拖曳天线及其收放绞盘、降落伞、设备的备件和行李间。机舱右侧有跳伞门。E-6A的通信中继系统为TACAMOAN/USC-13系统，由中央控制台、发射/接收机系统、甚低频功率放大器、天线耦合器和双甚低频拖曳天线组成。中央控制台有4个座位，集中控制各个分系统工作。全机机组18人。

发射/接受系统可接受来自本土指挥中心、广州中继机回收价格海军甚低频岸基站、总统使用的E-4国家紧急空中指挥所、各空中指挥所发出的甚低频上行信号；高频收发机组可提供空对空、空对地通信能力；特高频范围内则可与空军卫星通信系统、海军舰队卫星通信系统或任一视距话音通信系统连接。语音通话系统包括AN/ARC-182甚高频/超音频保密话音通讯台。AN/ARC-190高频通讯台，卫星通讯用超高频天线安装在翼尖舱。