然而，发布于1999年的《秸秆禁烧和综合利用管理办法》规定，违反规定焚烧秸秆的，由环保部门责令改正，并处20元以下罚款。16年时间，罚款金额涨了至少25倍。
存在类似冲突的规章制度并非孤例。近日，环保部按照国务院办公厅《关于做好行政法规部门规章和文件清理工作有关事项的通知》的要求，对所有部门规章和规范性文件进行了清理，决定对包括《秸秆禁烧和综合利用管理办法》在内的10件部门规章和121件规范性文件予以废止。
7月15日，环境保护部政策法规司副司长别涛在解读《关于废止部分环保部门规章和规范性文件的决定》时表示，按照下位法必须符合上位法的原则，环保部对以下几类规章和规范性文件予以废止：一是不利于稳增长、促改革、调结构、惠民生的；二是主要内容同现行有效法律、行政法规的规定和精神相抵触、不协调的；三是带有明显计划经济色彩，严重政企不分、政事不分、政社不分，不适应社会主义市场经济要求、不符合世界贸易组织（WTO）运行规则以及妨碍社会主义统一市场经济运行规则等明显不适应现实需要的；四是已有新的规定，或调整对象已消失、工作任务已完成、适用期已满等不需要继续执行的。
如《秸秆禁烧和综合利用管理办法》就与上位法存在明显冲突。别涛表示，废止该办法并不意味着秸秆禁烧和综合利用工作不再继续开展。按照新《大气污染防治法》和部门职责分工，秸秆禁烧工作将更多转由地方政府负责，由地方政府依照《大气污染防治法》严格监管；而秸秆综合利用工作则主要执行国家发展改革委员会和农业部等部门的相关规定。
环保部废止的10部部门规章分别是：《城市放射性废物管理办法》《废物进口环境保护管理暂行规定》《关于废物进口环境保护管理暂行规定的补充规定》《秸秆禁烧和综合利用管理办法》《污染源监测管理办法》《畜禽养殖污染防治管理办法》《淮河和太湖流域排放重点水污染物许可证管理办法（试行）》《废弃危险化学品污染环境防治办法》《限期治理管理办法（试行）》《危险化学品环境管理登记办法（试行）》。
10部部门规章中，有两部涉及危化品管理。发布于2005年的《废弃危险化学品污染环境防治办法》中对废弃危险化学品提出的管理要求，与《固体废物污染环境防治法》和国务院发布的《危险废物经营许可证管理办法》要求基本一致，实践中可以按照上位法规定执行。该办法规定废弃危险化学品造成污染场地的，应当将环境恢复方案报经县级以上环保部门同意；此项审批无上位法依据，今年2月，国务院在第二批取消中央指定地方实施行政审批事项的过程中已取消该审批事项。发布于2012年的《危险化学品环境管理登记办法（试行）》主要规定了危险化学品的生产使用和进出口环境管理登记和监管要求等内容，国务院同样在今年2月取消了该办法的核心制度，即“危险化学品生产使用环境管理登记证核发”。目前，危险化学品环境管理的模式正在调整，《危险化学品环境管理登记办法（试行）》已不宜继续实施。
此次废止的121件规范性文件大致可以分为以下几类：主要内容同现行有效法律、行政法规的规定和精神相抵触、不协调，如《关于加强上市公司环境保护监督管理工作的指导意见》；明显不符合现行管理要求或不适应现实需要，如《关于建设项目环境保护设施竣工验收监测管理有关问题的通知》；已有新的规定，如《关于加强环境影响评价机构及从业人员管理的通知》；调整对象已消失，如《关于明确〈放射性同位素与射线装置安全许可管理办法〉有关问题的通知》；工作任务已完成、适用期已满等不需要继续执行，如《关于进一步做好国控重点污染源自动监控能力建设项目实施工作的通知》等。
考虑到废止后的衔接问题，对后续法律法规或相关规定未覆盖或无衔接的规章和文件，未纳入此次废止范围。
