《办法》规定取水井的所有者为取水井安全责任人。使用财政资金开凿的取水井，由县级实施单位负责明确所有权及责任人，使用社会资金开凿或其他所有权不明的取水井，由所在地乡（镇）政府负责会商有关村委会，明确所有权及责任人。正在使用的取水井，责任人应设置井台、井盖、防护设施及警示标识，定期进行安全检查，消除安全隐患；暂时停用的取水井应进行封存，重新启用需报所在地县级水利部门批准。
《办法》明确了取水井应予以报废的几种情况，一是因地下水水位下降，无法安装提水机械或干涸的；二是因地下水水质发生变化，水质已严重超过用水水质标准且无法通过修复进行改善的；三是因井管歪斜、弯曲，井管破裂、错口、脱节，滤水管发生物理或化学原因堵塞，机井淤淀等原因发生的受损，导致无法修复或修复价值较低的；此外还有无主取水井等。
