根据上海市发改委的通知，2016年上海市碳排放交易纳入配额管理的单位包括三大类，分别为：第一，工业领域中年综合能源消费量一万吨标煤以上(或年二氧化碳排放量两万吨以上)，以及已参加2013-2015年碳排放交易试点且年综合能源消费量在五千吨标煤以上的(或年二氧化碳排放量在一万吨以上的)重点用能(排放)单位。
第二，交通领域中航空、港口行业年综合能源消费量在五千吨标煤以上(或年二氧化碳排放量在一万吨以上)，以及水运行业年综合能源消费量在五万吨标煤以上的(或年二氧化碳排放量在十万吨以上的)重点用能(排放)单位。
第三，建筑领域(含酒店、商业)年综合能源消费量在五千吨标煤以上(或年二氧化碳排放量在一万吨以上)且已参加2013-2015年碳排放交易试点的重点用能(排放)单位。
此前在2013年至2015年的试点阶段，上海纳入配额管理范围的试点企业有191家，主要来自钢铁、化工、电力等工业行业，以及宾馆、商场、港口、机场、航空等非工业行业。而根据2016版上海碳排放交易纳入配额管理的企业名单，工业领域新增了150多家企业，其中包括不少电子科技类公司，汽车配件领域公司，甚至食品行业公司，如清美绿色食品有限公司、光明乳业股份有限公司等;交通领域也新增了中远集装箱运输有限公司等15家企业。
通知表示，纳入配额管理的企业需按照《上海市碳排放管理试行办法》的规定，进一步增加碳排放控制和管理意识，积极参加碳排放系列培训等能力建设，按时提交监测计划和碳排放报告，配合开展碳排放核查，按期履行配额清缴义务，努力提升碳排放管理和交易的综合能力建设。
上海市发改委同时表示，将根据上述名单加快推进2016年度碳排放交易的配额分配、排放监测、报告和核查等各项管理工作，同时将积极跟进全国碳市场建设的进度安排，根据国家关于全国碳市场纳入的主体范围考虑，及时做好2016年以后上海市碳排放交易主体范围的衔接和调整工作。
