实施生态保护补偿是调动各方积极性、保护好生态环境的重要手段，是生态文明制度建设的重要内容。继合肥、六安之后，滁州市出台饮用水水源生态保护补偿专项资金管理暂行办法，从明年起对市区三大饮用水源保护实行生态补偿。

2018年，市财政拟安排饮用水源保护和生态补偿专项资金900万元，补偿全椒县、南谯区、琅琊区政府用于完善城西水库、沙河集水库(含沙城干渠)、黄栗树水库饮用水源保护四大工程建设。

一是环境保护能力建设，包括饮用水源水环境监管体系、水质自动监测、预警监测、突发污染事故应急能力等建设。

二是农业面源污染防治，包括农业污染防治、畜禽养殖污染防治、农业绿色生产技术推广等。

三是镇村环境治理，包括乡镇污水处理设施及配套管网建设、村镇生活垃圾无害化处理。

四是生态修复工程，包括河道整治工程、重点区域生态恢复工程、一级保护区居民搬迁补偿等。