《方案》要求，今年底前，取缔所有不符合国家产业政策的小型造纸、制革、印染等严重污染水环境的企业或生产项目。对造纸、焦化等十大行业进行清洁化改造，对十大行业新建、改建、扩建建设项目实行主要污染物排放等量或减量置换。2017年年底前，全区造纸、钢铁、氮肥、印染、制药(抗生素、维生素)和制革行业力争完成或实施清洁生产技术改造。全区32家工业园区全部按规定建成污水处理设施，并安装自动在线监控装置，逾期未完成的，一律暂停审批和核准其增加水污染物排放的建设项目，并撤销其园区资格。
《方案》提出，到2020年，全区水环境质量得到阶段性改善，污染严重水体较大幅度减少，饮用水安全保障水平持续提升，地下水超采得到严格控制。其中，黄河流域宁夏段水质优良比例总体达到73.3%以上。5个地级市城市建成区黑臭水体比例控制在10%以内，5个地级城市的11个集中式饮用水水源水质达到或优于Ⅲ类比例达到72.7%。
《方案》明确，今年起，自治区环保厅每季度抽查国控和省控重点污染源达标排放情况，各地级市环保部门每月抽查重点污染源、每季度抽查普通污染源达标排放情况，并向社会公布结果。
